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腫瘤領(lǐng)域使用最廣泛的公共數(shù)據(jù)庫:監(jiān)測、流行病學(xué)和最終結(jié)果數(shù)據(jù)庫(SEER數(shù)據(jù)庫)

發(fā)布時間:  2024-08-07 10:06:39



1.數(shù)據(jù)庫概述


1.1背景信息


SEER數(shù)據(jù)庫(Surveillance, Epidemiology, and End Results,監(jiān)測、流行病學(xué)和最終結(jié)果)是由美國國立癌癥研究所(NCI)創(chuàng)建并維護(hù)的一個大型公共數(shù)據(jù)庫,數(shù)據(jù)獲取方便并且公開免費(fèi),深受廣大腫瘤領(lǐng)域科研工作者的喜愛。該數(shù)據(jù)庫記錄了美國部分州縣上百萬名惡性腫瘤患者的發(fā)病率、死亡率和患病情況等信息,主要提供了臨床資料,如性別、年齡、種族、地理位置、婚姻狀態(tài)、腫瘤大小、腫瘤病理、腫瘤偏側(cè)、腫瘤WHO分級、TNM 分期、腫瘤部位等,為缺少臨床科研數(shù)據(jù)的臨床研究者提供了很好的數(shù)據(jù)來源。自1973年創(chuàng)建以來,SEER數(shù)據(jù)庫已經(jīng)成為全球最全面的癌癥數(shù)據(jù)資源之一。

1.2數(shù)據(jù)庫用途


SEER數(shù)據(jù)庫樣本量大,統(tǒng)計(jì)學(xué)效能強(qiáng),這使基于SEER數(shù)據(jù)庫的研究具有較高的臨床參考價(jià)值,被廣泛用于癌癥研究、公共衛(wèi)生規(guī)劃、政策制定和教育。

1.3數(shù)據(jù)采集方式


SEER數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)通過一系列嚴(yán)格的收集和報(bào)告程序獲得,涉及多個癌癥登記處。數(shù)據(jù)來源包括醫(yī)院、門診診所、病理實(shí)驗(yàn)室和其他醫(yī)療機(jī)構(gòu)。調(diào)查詳情可以在SEER官方網(wǎng)站的方法與工具欄目進(jìn)行查看。

1.4樣本特征


SEER計(jì)劃始于1973年1月1日。在過去的50年里,地理面積和人口覆蓋率都有所擴(kuò)大,占當(dāng)今美國人口的近50%。SEER數(shù)據(jù)庫的樣本涵蓋了不同年齡、性別、種族和社會經(jīng)濟(jì)背景的人群,特別關(guān)注少數(shù)族裔和其他弱勢群體,以確保數(shù)據(jù)的代表性和全面性。SEER人口與美國總?cè)丝谔卣鞅容^,SEER人口中外國出生人口的比例往往高于美國普通人口。





2.使用方式



2.1

訪問與獲取

數(shù)據(jù)庫在每年11月對提交數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控檢測,并在來年4月開放,更新會在官網(wǎng)顯示,若需要重新申請權(quán)限會以郵件提示。SEER數(shù)據(jù)庫提供了一個在線查詢系統(tǒng)SEERStat,研究人員可以通過這個工具訪問和分析數(shù)據(jù)。用戶需要先下載并安裝SEERStat軟件,然后申請?jiān)L問權(quán)限,通過這個平臺可以自定義查詢條件,提取相關(guān)的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。通過郵箱進(jìn)行注冊登錄,進(jìn)行相關(guān)操作。

2.1.1 SEER賬戶申請

對于初學(xué)者來說,要先準(zhǔn)備一個未注冊過的郵箱(qq,163,126都行)。

因?yàn)樯暾堖^程中會連續(xù)收到郵件,建議在申請過程中一直保持郵箱收件箱頁面和注冊頁面均打開,方便申請。

(1)進(jìn)入seer網(wǎng)站,官方網(wǎng)址:https://seer.cancer.gov/。

頁面如下,依次點(diǎn)擊SEER Data& Software, How to request assess to SEER Data, Continue to Request Form。


(2)在個人郵箱處填入自己的郵箱,進(jìn)入如下界面,填好相應(yīng)的信息然后點(diǎn)擊submit提交。


(3)提交之后,會收到如下郵件:


(4)打開郵件中的鏈接,繼續(xù)填寫信息:



之后會收到分別含有登錄用戶名,SEER Stat 軟件下載鏈接的三封郵件。

2.1.2 SEERStat軟件下載





您將很快收到一封電子郵件,其中包含下載軟件的鏈接。下載鏈接將在 24 小時后過期。點(diǎn)擊郵件中的連接進(jìn)行SEERStat的下載。


下載成功,圖標(biāo)如下所示


2.1.3 軟件登錄

打開軟件,雙擊進(jìn)入SEER數(shù)據(jù)庫后選擇左上角Profile/Clinent-Server Set進(jìn)入,這時會想起來沒有看到賬號密碼,按照如下步驟輸入郵箱,進(jìn)行密碼修改:




 你的郵箱會收到含有密碼的郵件



在Step1輸入郵件里的密碼, 在Step2設(shè)置好自己的新密碼進(jìn)行登錄


2.2

數(shù)據(jù)使用指南

2.2.1數(shù)據(jù)下載

點(diǎn)擊田字格圖表,軟件開始加載數(shù)據(jù),耐心等待


加載完數(shù)據(jù)的窗口如下圖所示,上方有四個選項(xiàng):“Data”、“Selection”、“Table”、“Output”。一開始默認(rèn)的是“Data”界面,在此界面中可以選擇任意你想要查閱的數(shù)據(jù)集。每一行都是一個數(shù)據(jù)集,選中想要的數(shù)據(jù)集(藍(lán)底表示已選中)。數(shù)據(jù)集的名字上會介紹參與此個數(shù)據(jù)集的機(jī)構(gòu)數(shù)量,以及起始時間。大家可根據(jù)自己的需要隨意選擇。選好數(shù)據(jù)集后點(diǎn)擊“Selection”進(jìn)入下一個界面。


篩選數(shù)據(jù)時,第一步先點(diǎn)擊Selection ,第二步點(diǎn)擊Edit,然后會有很多選項(xiàng),選擇你需要的病例范圍、腫瘤類型等等。 is=to 是等于的條件,is=not to是不等于的條件,例如:下圖所示,是選中了年齡10-14歲且為Female的2020年的患者。選中條件之后可以copy出來所有的篩選條件,點(diǎn)擊clear可以清除選中的條件。

在這一步以及下面選擇臨床信息的這兩步里,你會發(fā)現(xiàn)SEER數(shù)據(jù)庫有許多自己定義的簡寫和縮寫,比如mets at dx代表遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移,轉(zhuǎn)移部位和病理類型都用代號表示。建議大家到上面那個官網(wǎng)下載“CS coding instructions”的文件,里面詳細(xì)羅列了該數(shù)據(jù)庫使用的每個coding的解釋,但說明文件是全英文的,所以需要花點(diǎn)時間仔細(xì)看下。


第三欄是table,也就是選擇你需要的臨床信息。一定要記得(敲黑板?。┯疫卻ort 那一欄選擇加入patient ID,這樣你導(dǎo)出的所有病例都是按照ID號排序的,就不會混亂。這一步就是將剛才篩選出來的數(shù)據(jù)進(jìn)行整理,可以理解為縱標(biāo)目。

當(dāng)然如果你需要按其他變量排序也是可以的。左邊column那欄就選擇你要的變量就行啦,這時候你會發(fā)現(xiàn)SEER的信息確實(shí)登記得非常全面,常用的年齡、病理類型、AJCC分期、生存時間、死因、治療等等都有。


最后點(diǎn)擊工具欄的閃電按鈕(execute)就可以下載病例數(shù)據(jù)啦,最后出現(xiàn)的是表格形式,可以將表格的數(shù)據(jù)直接復(fù)制粘貼到excel里,或者通過點(diǎn)擊Matrix導(dǎo)出文件。

提示:如果出現(xiàn)表格中沒有數(shù)據(jù)的情況,可能是篩選條件太多。






3.數(shù)據(jù)類型



3.1

數(shù)據(jù)信息


包括患者的注冊編號、個人信息、原發(fā)病灶部位、腫瘤尺寸、腫瘤編碼、治療方案、死亡原因等。

3.2

數(shù)據(jù)范圍


9大類腫瘤:乳腺、結(jié)腸&直腸、其他消化系統(tǒng)、女性生殖、淋巴&白血病、男性生殖、呼吸系統(tǒng)、泌尿系統(tǒng)及其它尚未確指的類型。



4.研究案例


#4.1研究案例(一)


2023年10月16日中國醫(yī)科大學(xué)附屬第四醫(yī)院普外科學(xué)者在《PLoS One》(二區(qū)top, IF=2.9)發(fā)表題為:“Competing-risks model for predicting the prognostic value of lymph nodes in medullary thyroid carcinoma”的研究論文。文章基于SEER數(shù)據(jù)庫1998 - 2016年診斷為MTC的患者資料,建立Cox比例風(fēng)險(xiǎn)和競爭風(fēng)險(xiǎn)模型,回顧性分析相關(guān)因素對淋巴結(jié)的影響。結(jié)果表明,在排除競爭風(fēng)險(xiǎn)后,淋巴結(jié)數(shù)量、陽性數(shù)量和陽性比例是甲狀腺髓樣癌預(yù)后不良的因素。

#4.2研究案例(二)


2023年10月12日新疆醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院婦科,中亞高發(fā)疾病發(fā)病機(jī)制與防治國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室學(xué)者在《BMJ Open》(二區(qū)top, IF=2.4)發(fā)表題為:“Establishment of prediction models to predict survival among patients with cervical cancer based on socioeconomic factors: a retrospective cohort study based on the SEER Database”的研究論文。文章基于SEER數(shù)據(jù)庫2007年至2011年間診斷為宮頸癌的5954例患者的數(shù)據(jù)。采用單因素和多因素Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型估計(jì)和分析社會經(jīng)濟(jì)因素與宮頸癌患者總生存期(OS)的相關(guān)性,構(gòu)建和驗(yàn)證基于社會經(jīng)濟(jì)因素預(yù)測宮頸癌(OS)的預(yù)測模型。結(jié)果表明,與單獨(dú)的AJCC分期系統(tǒng)相比,基于社會經(jīng)濟(jì)因素和AJCC分期系統(tǒng)的預(yù)測模型在預(yù)測宮頸癌OS方面具有較好的效果。

#4.3研究案例(三)


美國馬薩諸塞州波士頓塔夫茨大學(xué)醫(yī)學(xué)院圣伊麗莎白醫(yī)學(xué)中心醫(yī)學(xué)系學(xué)者在《Breast Cancer Res Treat》(二區(qū)top, IF=3.0)發(fā)表題為:“Survival analysis of patients with brain metastases at initial breast cancer diagnosis over the last decade”的研究論文。文章基于SEER數(shù)據(jù)庫2010至2019年IV期乳腺癌患者信息,采用多變量邏輯回歸分析初次乳腺癌診斷時腦轉(zhuǎn)移的預(yù)測因素,使用Kaplan-Meier方法估計(jì)OS,并使用log rank檢驗(yàn)比較組間差異,利用Cox回歸評估幾個變量與OS之間的關(guān)聯(lián)。結(jié)果表明,在過去十年中,腦轉(zhuǎn)移患者在初次診斷乳腺癌時的中位OS仍然很差。除腫瘤亞型外,OS還根據(jù)年齡、顱外轉(zhuǎn)移和社會人口學(xué)因素而變化。


END




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